Desde su rehabilitación por parte de la Diputación de Málaga y su apertura al público en 2015, el Caminito del Rey ha recibido más de un millón de visitantes de más de 114 nacionalidades de los cinco continentes. Pero, además de disfrutar del espectacular recorrido y de la belleza del paisaje, los visitantes pueden verse sorprendidos por la fauna que habita en el entorno, que forma parte de un nicho ecológico cerrado de gran interés y que es objeto de estudio por parte de especialistas.

Para los amantes de la ornitología, pero también para el resto de turistas, el Caminito del Rey se convierte en un lugar privilegiado para divisar la gran variedad de aves de montaña que viven y anidan en las paredes de los cañones y sus alrededores, como el alimoche, el buitre leonado, el águila real o el halcón abejero.

En tierra destacan la cabra montés (a primera hora de la mañana pueden verse ejemplares en las pasarelas), el zorro y también se han empezado a observar algunos jabalíes. Lirones, tejones, conejos y ginetas también habitan el Caminito del Rey, y entre las rocas y en los senderos de tierra los visitantes descubren a menudo reptiles como el lagarto ocelado y culebras.

La cercanía del río y los embalses permite observar peces como bogas y barbos en las aguas del canal que hay que sortear durante el recorrido. En la antigüedad, según los estudios arqueológicos realizados en la zona, salmones y anguilas eran protagonistas en estas aguas. De hecho, en una de las cuevas neolíticas que se encuentran en el entorno se ha descubierto una aguja hecha con espina de salmón.

Las charcas también son el hábitat de especies de ranas y sapos. El sapillo pintojo ibérico, incluido entre las especies en régimen de protección especial, cuenta con un humedal en el Valle del Hoyo construido específicamente para su implantación y supervivencia.

Para preservar la riqueza de esta biodiversidad, durante la visita al Caminito del Rey se informa a los turistas de las normas de funcionamiento, entre las que se encuentra la prohibición de arrancar plantas, gritar o escuchar música con volumen alto perturbando el hábitat de los animales, así como la utilización de drones o cualquier otro artefacto que pueda molestar a la importante comunidad de aves que habita en la zona.

En la actualidad, el Caminito del Rey ha presentado su candidatura para ser reconocido Patrimonio Mundial de la Humanidad por la UNESCO.